OpenBEL - Bringing knowledge to life!_1378094489978

20130901-生科巨量資料專案 OpenBEL 加入 Linux Foundation 會員

黃郁文/編譯

Linux Foundation 日前宣布生命科學領域的前瞻開源專案 OpenBEL 加入基金會成為正式會員,雙方將透過彼此合作以獲取、整合及分享生物學方面的知識,並藉開放源碼的手段與 Linux 平台將此專案推進更廣大的科學應用領域。

在生命科學領域,資料的初步收集並非難事,但困難處,反而是不同研究機構間資訊的互動與流通,是一件頗為困擾科學家的複雜工作。OpenBEL 為一套生命科學領域的資訊紀錄與分享框架,使用新創「生物學表徵語言 (Biological Expression Language, BEL)」的方式來進行資訊的登載與交換,該種語言以電腦可讀、可分析的格式與框架,來表述生命科學上的細節以及新發現;此外,BEL 的紀錄框架,可以將不同來源的生科資訊彙整至單一電腦分析系統裡,如此一來,不同的研究機構人員間便不需再費心進行資料格式差異性的描述,只需要透過 BEL,就可以找出一個讓彼此資料可以順暢交換與交叉引證分析的管道。

OpenBEL 係於 2012 年 6 月由生科發展公司 Selventa 以自由開放源碼的方式釋出,官方 OpenBEL 網站相關內容採創用CC-姓名標示-3.0 非本地化版本 (Creative Commons Attribution 3.0 Unported) 釋出,程式碼的部份以 Eclipse Public License – v 1.0 (EPL-1.0) 的方式提供,而其置於 GitHub 上的程式框架,則顯示是以 Apache License Version 2.0 (Apache-2.0) 的方式容許他人下載與利用。在加入 Linux Foundation 之前,OpenBEL 已被用於生科的研究機構間,以瞭解藥品的有效性與毒性、及其敏感度與對抗性,同時在其架構下供作巨量資料 (Big Data) 的分析,以讓研究人員透過資訊系統的協助,能對生物疾病有更深入的瞭解。其資訊被各大研究單位與學校所利用,包括 AstraZeneca、The Fraunhofer Institute、Harvard Medical School、Novartis、Pfizer、University of California at San Diego,以及 Foundation Medicine。OpenBEL 專案的領導人 Ted Slater 表示:對於想要拓展開放性的一般公司,加入 Linux Foundation 可能是一個很好的途徑,因為在納入 Linux Foundation 旗下的會員體制之後,OpenBEL 就可以好好利用 Linux Foundation 的軟體專案與社群資源,例如目前歷史上最龐大的資訊計算系統 Linux OS,來進行生物科學領域下合作開放性的發展與管理。

對此,Linux Foundation 的執行長 Jim Zemlin 也指出,OpenBEL 作為自由開放源碼的發展專案,可以為醫學與科學界帶來突破性的進展。因為團結力量大,Linux 作業系統的成功就是最好的證明,而這樣的經驗必定也受用於電腦資訊以外的專案。OpenBEL 可以展示藉由開放與合作的共工模式,可推進科學進步,而自由開源軟體發展方式的成功,亦並非僅止於管理程式碼的面向上,以 OpenBEL 來說,其包括 BEL 語言、開放源碼,以及 BEL 框架等相關技術與工具,甚至可說是 Linux Foundation 旗下第一個採巨量資料與開放源碼框架的結合專案,故 Linux Foundation 也非常期待 OpenBEL,能透過 Linux Foundation 開源軟體專案管理方面的經驗,來更進一步促進其專案本身的知識累積與科學發展。

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相關網址:

1、Linux Foundation 與 OpenBEL 合作改造科學
http://opensource.com/health/13/8/openbel-joins-linux-foundation

2、生命科學資訊框架 OpenBEL 加入 Linux Foundation
http://www.linuxfoundation.org/news-media/announcements/2013/08/life-sciences-information-framework-openbel-become-linux-foundation

3、OpenBEL 加入 Linux Foundation
http://www.bio-itworld.com/2013/8/26/openbel-joins-linux-foundation-collaborative-project.html

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