20130903-簡便好用的開源書目管理軟體 – Zotero

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林誠夏、黃郁文/編譯

Zotero 為美國 George Mason University 轄下歷史與新媒體研究中心 (Center for History and New Media) 所開發,並以自由開源授權條款釋出的書目管理軟體。初始為網頁瀏覽器 Firefox 的附加元件,目前已經發展到有獨立安裝版本,可以透過連接程式在 Microsoft Office、LibreOffice、Google Chrome,與 Apple Safari 上進行運用。使用者在圖書館線上目錄或網路書店查詢到感興趣的書籍資訊時,可立即透過 Zotero 擷取這些文獻的書目資訊,進行儲放、加註,並訂立標籤 (tag),對於長期有文獻查閱需求的研究人員來說,實在是非常實用便利的工具;而且,透過 Zotero 的線上帳號,更可將這些資訊備份在網路伺服器上,最後在資料融通性方面,Zotero 也可以將所蒐集的資料,匯入其他的書目管理軟體,例如許多人使用的 EndNote,或是將 EndNote 的原始資料匯出轉到 Zotero 介面下進行管理。

從功能性相較,與 Zotero 相對的是 Windows 平台下許多研究者慣用的書目管理軟體 EndNote,不過和 EndNote 不同的是:Zotero 提供其軟體相關的完整程式源碼 (Source Code),並且、它還可以從網路上合法下載,免費取得。另外,Zotero 除了用於學術研究外,在非學術工作上也可用以產出白皮書或研究報告。近年來,Zotero 已經發展成可被用於多種網路瀏覽器,並且作為 OpenOffice、LibreOffice,Microsoft Word 的插件功能都很成熟與完整。某些特別的 Linux 版本 (Linux distros),像是 UberStudent,更是直接在預設套件庫裡提供有 Zotero 的安裝套件,而 Mac 及 Windows 使用者也可找到合用的 Zotero 版本。而若是使用者在個別的 Linux 版本找不到對應的 Zotero 版本,則必要時亦可以改以獨立模組的方式進行操作。

Zotero 其一令人讚賞的功能,就是它會自動辨識網頁內容,使用者只要一鍵 (one click),就可將網頁內容加入 Zotero 的編檔資料庫。另外,Zotero 能自動標記與搜尋已儲存的資訊,如此一來使用者就不需重覆進行複製與貼上的動作。同樣的,Zotero 也讓儲存 PDF 檔案、圖片、聲音檔及影像檔這些動作變得更容易,它還能夠為所編檔的資料作目錄索引,簡易上手的使用介面也讓人滿意。和一般筆記軟體不同的,Zotero 初始的設定功能在於追蹤研究資料,整理引註與參考書目。因此,Zotero 的資訊收集與標記功能,主要是讓使用者專注於資料歸檔與資料查找,操作模式類似於影音播放軟體對於照片與音樂檔的管理方式。除此之外,Zotero 還有一項線上資料同步 (Online synchronization) 的功能,藉此使用者即便使用不同的電腦來查找資訊,Zotero 仍能時時整合這些在不同時段查找到的書目與引註資料。另外,在群組共工的合作情況下,Zotero 容許使用者創立工作小組,組員藉此可線上管理合作資料,亦相當方便。

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相關網址:

1、聚焦研究書目資訊管理軟體 – Zotero
http://www.linuxinsider.com/story/Zero-In-on-Research-Control-With-Zotero-78814.html

2、Zotero 於麻省理工學院網站上的使用指南
http://libguides.mit.edu/zotero

20130902-New Zealand 透過專利法的修改直接否定了純軟體程式的可專利性

Supplementary Order Paper No 237 (released 09 May 2013) New clause 10A – New Zealand Legislation_1378107914643

林誠夏、黃郁文/編譯

當前世界各國政府,對於軟體專利在科技實業發展上,可能產生的弊病與失衡已經有所認識,近期德國議會與美國白宮,亦各展示了其抑制軟體專利無限度發展的因應手段。其中,直接透過民意代表,以修法的手段來降低軟體專利的影響,已在德國被提出來討論,但大家並沒有想到,率先達陣完成這個目標的,卻是在 New Zealand 的國會殿堂!

日前,New Zealand 國會在一輪 117 票贊成對 4 票反對的表決中,確定了該國專利法的修改案 (New Zealand patent bill)。此次修改案的重大要點,就在於此後 New Zealand 明定在純粹電腦程式 (computer program) 的領域裡,不該有軟體專利的適用,也就是透過修訂 New Zealand 的專利法,明白宣示單單以電腦程式,不該是「技術發明」的全部。其實,「軟體專利 (Software Patent)」這個名詞,在世界各國並非已是一個成熟或被充份定義的技術用語與法律用語,其約略意指「高度依賴電腦程式與軟體程式的運作來達成的技術方法」,而世界各國現在有條件的承認部份軟體專利能夠被審查通過,泰半是因為在「世界貿易組織 (World Trade Organization, WTO)」框架下「與貿易有關之智慧財產權協定 (Trade Related Aspect of Intellectual Property Rights, including Trade in Counterfeit Goods, TRIPS)」裡,明文規定專利性質的技術發明 (invention) ,應以可展現在產品或製造過程裡的各個技術領域為範疇。然而,因為電腦程式中關於技術的實踐方式並不顯明易見 (patent),進一步說,電腦程式就產品而言,是一個幕後運作的數理方程式,且其依賴不同的程式語言及程式語言框架 (framework) 來執行,從而並不符合專利技術可簡要提供查驗與分析的條件。而對於新創事業而言,在產品推出之前,就要查究世上所有純粹軟體層次的技術公報,在事實上亦是無可能達到,也過於耗費時間與經濟成本的,所以軟體專利就長遠與多數人的利益來看,不會是一個能夠福國淑世的良好制度。

New Zealand 國會推動修法的成員之一 Clare Curran 表示,事實已經證明在過去一段時間裡,專利法就軟體專利方面的漏洞,已經讓許多顯著到眾人皆知的技術,竟被例外的核發了專利,而其原因就因為運作流程裡被冠以電腦軟體繁複的運用,而讓審查人員誤以為其具有專利技術的適格。New Zealand 在專利法修改之後的作法,改為嚴格審議純軟體性質的技術方法,若是其運作的程序與技術層面純然是軟體領域的話,則原則上不應被核可任何專利,此一禁令從現在開始生效,但基於信賴利益與市場安定之法理,並不溯及既往。而例外的,如該技術可因軟體硬體不同應用階段的結合,而產生顯著的可辨識性與可區隔性的話,則可例外的就整個技術方法取得整體的專利保護。這樣的作法實務上並不乏見,例如依歐洲專利協定 (European Patent Convention) 第 52 條的規定,在歐洲聯盟 (European Union) 的框架下,各國在必要時,得以核可高度軟體性質的專利技術,然而依歐洲專利辦公室 (European Patent Office, EPO) 的解釋 (http://www.epo.org/news-issues/issues/computers/software.html),實際審查時仍要查驗該軟體方法,是否能與硬體或實際的產品進行互動上的結合,若是無法與硬體與產品作結合的話,純軟體性質的技術流程,也可能被 EPO 評以缺乏合理辨識性,而被駁回其專利申請。同樣在美國 2008 年 Bilski v. Kappos 一案中,承審法官也曾建立了「機器或轉變測試法 (The machine-or-transformation test)」的判準,此判準指出,一個商業方法或運作流程欲申請專利,必須要與特定機器或裝置相連結,或將特定物品轉變為不同狀態或事物。而雖然此一判準在 2010 年同案上訴到聯邦最高法院時再經修正,聯邦最高法院認為「機器或轉變測試法」可以是判斷專利適格的輔助工具,但並不能作為唯一判斷標準,但其在實際的專利審查上,仍具有相當高的參考價值。上述歐洲與美國的範例,是將專利技術在軟硬結合上的查驗,移置到行政審查與司法審理的環結上來做查驗,然而 New Zealand 目前透過國會修法的方式,是更為正本與清源,因為成文並經代議士在國會通過的法律,具有拘束全國各機關及人民跨越階層一體適用的效力!

依我國經濟部智慧財產局所編撰的「現行專利審查基準彙編」所示,國內數年前已經有限度的開放軟體專利的申請,其表示電腦軟體相關發明與保護電腦程式原始碼或目的碼之電腦程式著作不同, 故此一行政規則已可含納軟體專案的概念,且專利法並無明文排除軟體專利的保護適格,故解釋上可予適用。然而,參酌當前國際間如歐洲、美國,以及 New Zealand 等各國政府對於軟體專利的反動以及抑制,也許是一個時間點讓我們據以好好的思考,任由專利制度無限上綱,且擴展到生活上各個領域,是不是符合國民多數權益的基本原則?也更可以想想,該制度如無收斂標準,對全體國民經濟上實際的助益在哪,又可能產生的弊害在哪。

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相關網址:

1、歷史性的投票 – New Zealand 擋下了軟體專利
http://arstechnica.com/tech-policy/2013/08/in-historic-vote-new-zealand-bans-software-patents/

2、軟體專利大反動 – 德國議會與美國白宮各展因應之道!
http://www.openfoundry.org/tw/foss-news/9024-2013-07-15-02-30-44

3、開源創新:從軟體專利與 Android 平台談起 – 自由軟體授權應用與商業建議二十講系列之五會後報導
http://www.openfoundry.org/tw/foss-news/8592-open-source-innovation-patents-and-the-android-platform-in-perspective

20130901-生科巨量資料專案 OpenBEL 加入 Linux Foundation 會員

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黃郁文/編譯

Linux Foundation 日前宣布生命科學領域的前瞻開源專案 OpenBEL 加入基金會成為正式會員,雙方將透過彼此合作以獲取、整合及分享生物學方面的知識,並藉開放源碼的手段與 Linux 平台將此專案推進更廣大的科學應用領域。

在生命科學領域,資料的初步收集並非難事,但困難處,反而是不同研究機構間資訊的互動與流通,是一件頗為困擾科學家的複雜工作。OpenBEL 為一套生命科學領域的資訊紀錄與分享框架,使用新創「生物學表徵語言 (Biological Expression Language, BEL)」的方式來進行資訊的登載與交換,該種語言以電腦可讀、可分析的格式與框架,來表述生命科學上的細節以及新發現;此外,BEL 的紀錄框架,可以將不同來源的生科資訊彙整至單一電腦分析系統裡,如此一來,不同的研究機構人員間便不需再費心進行資料格式差異性的描述,只需要透過 BEL,就可以找出一個讓彼此資料可以順暢交換與交叉引證分析的管道。

OpenBEL 係於 2012 年 6 月由生科發展公司 Selventa 以自由開放源碼的方式釋出,官方 OpenBEL 網站相關內容採創用CC-姓名標示-3.0 非本地化版本 (Creative Commons Attribution 3.0 Unported) 釋出,程式碼的部份以 Eclipse Public License – v 1.0 (EPL-1.0) 的方式提供,而其置於 GitHub 上的程式框架,則顯示是以 Apache License Version 2.0 (Apache-2.0) 的方式容許他人下載與利用。在加入 Linux Foundation 之前,OpenBEL 已被用於生科的研究機構間,以瞭解藥品的有效性與毒性、及其敏感度與對抗性,同時在其架構下供作巨量資料 (Big Data) 的分析,以讓研究人員透過資訊系統的協助,能對生物疾病有更深入的瞭解。其資訊被各大研究單位與學校所利用,包括 AstraZeneca、The Fraunhofer Institute、Harvard Medical School、Novartis、Pfizer、University of California at San Diego,以及 Foundation Medicine。OpenBEL 專案的領導人 Ted Slater 表示:對於想要拓展開放性的一般公司,加入 Linux Foundation 可能是一個很好的途徑,因為在納入 Linux Foundation 旗下的會員體制之後,OpenBEL 就可以好好利用 Linux Foundation 的軟體專案與社群資源,例如目前歷史上最龐大的資訊計算系統 Linux OS,來進行生物科學領域下合作開放性的發展與管理。

對此,Linux Foundation 的執行長 Jim Zemlin 也指出,OpenBEL 作為自由開放源碼的發展專案,可以為醫學與科學界帶來突破性的進展。因為團結力量大,Linux 作業系統的成功就是最好的證明,而這樣的經驗必定也受用於電腦資訊以外的專案。OpenBEL 可以展示藉由開放與合作的共工模式,可推進科學進步,而自由開源軟體發展方式的成功,亦並非僅止於管理程式碼的面向上,以 OpenBEL 來說,其包括 BEL 語言、開放源碼,以及 BEL 框架等相關技術與工具,甚至可說是 Linux Foundation 旗下第一個採巨量資料與開放源碼框架的結合專案,故 Linux Foundation 也非常期待 OpenBEL,能透過 Linux Foundation 開源軟體專案管理方面的經驗,來更進一步促進其專案本身的知識累積與科學發展。

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相關網址:

1、Linux Foundation 與 OpenBEL 合作改造科學
http://opensource.com/health/13/8/openbel-joins-linux-foundation

2、生命科學資訊框架 OpenBEL 加入 Linux Foundation
http://www.linuxfoundation.org/news-media/announcements/2013/08/life-sciences-information-framework-openbel-become-linux-foundation

3、OpenBEL 加入 Linux Foundation
http://www.bio-itworld.com/2013/8/26/openbel-joins-linux-foundation-collaborative-project.html